奉中共中央命令，留在南方领导游击战争的项英和陈毅，在国内革命战争向抗日民族战争转变的历史关头，担负起了牵头组织南方各游击区与国民党当局谈判的职责。他们坚决执行中共中央政策，正确分析形势，统一思想认识，为南方各游击区实现战略转变奠定了思想基础；他们以民族利益为重，捐弃前嫌，与国民党地方当局谈判，为各边区红军游击队的改编创造了有利条件；他们亲自到各游击区传达中央精神，促成各边区红军游击队下山，集中改编为新四军。
为南方红军游击队集中改编奠定政治基础
1937年8月1日，中共中央作出了 《关于南方各游击区域工作的指示》 ，明确指出“在保存与巩固革命武装，保障党的绝对领导的原则之下”，“较大的红色部队，可与国民党的附近驻军或地方政权进行谈判，改变番号与编制以取得合法地位”。
8月8日，项英、陈毅以赣粤边共产党游击队名义发表联合宣言，提出了合作抗日、和平谈判的意向。8月20日，他们又以中共赣粤边特委的名义，写信给国民党江西省政府主席熊式辉、第四行政督察专员公署专员兼第四行政区保安司令马葆珩、国民党军第46师师长戴嗣夏，以及大余、信丰、南康、南雄等县政府，要求立即合作抗日，以配合全国抗战之大计。8月下旬，项英主持召开赣粤边游击区干部会议，学习毛泽东有关合作抗日的指示精神，强调要正确认识国共合作的形势，既要防止麻痹思想，又要防止关门主义倾向。他同时强调，对国民党顽固派破坏合作抗日，污蔑红军游击队下山合作抗日是“要求投诚”、“归顺国民党”等情况，要给予坚决的回击。
9月8日，项英派陈毅在池江与国民党大余县政府代表鲁炯雯举行谈判，达成七项协议：（一）电告江西省有关各地停止武力进剿；（二）释放在押共产党人和政治犯；（三）统一抗日意志，不得歧视共产党；（四）游击队正式改编国军、听候中央建制调遣抗日；（五）红军原有政训和军事指导人员不动；（六）南方各地的游击队一律由项英、陈毅负责召集改编；（七）由大余县政府派员陪同陈毅前往赣州，决定改编手续，克日实施。9月12日，项英又派陈毅赴赣州与国民党江西省政府代表、江西全省抗日义勇军编练处副主任熊滨等谈判，达成九项协议。9月24日，项英亲赴南昌与国民党江西省政府代表刘体乾举行谈判，就解决其他游击区红军游击队下山改编问题交换了意见，达成三点协议：（一）红军游击队番号改为抗日义勇军；（二）游击区域的老债、新债均废除；（三）在游击队集中期间，一切费用由江西省政府负担；其余各项问题，待国共两党中央谈判决定。
大余、赣州、南昌三次谈判，都取得了成功。尤其是项英代表中共中央分局同国民党江西省当局南昌谈判的成功，标志着南方国共合作的建立。这三次谈判，实践了毛泽东关于红军游击队与国民党地方当局合作抗日的指示精神，正确认识了国共合作的形势，既防止了松懈麻痹思想，又克服了关门主义倾向；对国民党顽固派破坏合作抗日，污蔑红军游击队下山是“投诚”，也给予了坚决回击。项英到延安后，认真学习中央文件，领会中央新精神，广泛接触各领导干部，就南方各游击队改编问题，进行深入探讨；中央政治局会议最后专门讨论南方红军游击队改编问题，项英提出了改编建议，会议明确了新四军改编的方针、原则和组织领导等问题，为整个南方的国共合作打下坚实思想基础。
最早提出对南方红军游击队进行集中改编
陈毅在大余、赣州谈判中，即与当局达成“由项英、陈毅负责召集改编”、“集中点编”等项协议。9月下旬，陈毅向中共信南县委书记罗世珍传达中央和赣粤边特委有关国共合作的精神，并指示游击队务必于日内向大余池江集中待命。陈毅与当局达成的部队集中待命的协议，显然不是他个人意见，而是与项英商量的。这是中共党内最早提出的对南方红军游击队进行集中改编的意见。项英、陈毅在中共中央东南分局成立前，就南方红军游击队的去向与前途问题，已取得共识。他们既是后来成立的东南分局的主要领导者，又是红军游击队下山集中改编的实践者。
10月初，项英带着 《中国共产党为公布国共合作宣言》 和 《告全党同志书》 等重要文件，从南昌经赣州回到池江，随即召开了中共赣粤边特委和各游击队负责人会议，传达中央文件精神，介绍谈判情况，进一步讨论了赣粤边红军游击队下山集中改编的具体事宜。会议决定陈毅代表中央分局到湘赣边和皖浙赣边游击区，陈丕显到闽赣边和三南游击区，刘新潮去寻邬，北山区委负责人罗绍曾去湘南游击区，分别联络游击队下山改编事宜。项英还写信，托人送往崇义、上犹一带的王赤领导的游击队，联络下山改编问题。会后，项英赶到离池江圩五里以外赣粤边红军游击队驻地，向杨尚奎、陈丕显、刘新潮等传达中央指示和赣粤边特委会议精神，同他们一起研究了谈判、集中和整编等问题。
参与新四军领导班子的讨论和组建
1937年12月，中共中央政治局会议决定成立中共中央长江局东南分局（以下简称东南分局），领导南方各游击区；东南分局主要领导地方党的工作，受中共中央和中共中央长江局双重领导，项英任书记；成立中共中央革命军事委员会新四军分委员会（以下简称军分会），项英任主席（后改称书记），陈毅任副主席。项英作为中央政治局委员、东南分局和新四军分会的主要领导人，积极主动参与了新四军领导班子组成的讨论。
项英就任分局书记后，在1937年12月14日与毛泽东联名致电叶挺，“新四军原则上可照军何（编者注：指何应钦）提议作进一步磋商”，“各支队以上最好能争取到成为两纵队，纵队长一陈毅，一张鼎丞”，“万一两纵队不能成立，则陈毅改为政治部主任”，“长江以南各支队（共六个不是五个）可向东开，长江以北高敬亭支队暂留江北”。项英离开延安到武汉、南昌后，又连续致电毛泽东等，提出：
第一，“曾山及派往南方的军政党干部立即动身到汉，迟行对于工作有损失”，“浙江干部请多派来，以便建立工作，配合四军行动”，“曾山等人应即来汉，否则对于工作有损失，并立即催促他们动身”。曾山是东南分局副书记，必须要来和分局其他人会合。南方干部对应的是南方红军游击队，自然最合适。浙江干部也是南方干部，更是南方红军游击队集中成军的重要条件，当时新四军集中地选在浙江开化。这些用人原则，都是项英在延安与毛泽东商定的。
第二，关于政治部主任人选，“张际春，请毛急调回来”，“张际春请急调回派来，否则建立政治工作成问题”。从项英的语气看，事前与毛泽东之间已有议案，毛泽东是同意的。后，毛泽东又致电认为“张际春河防政治工作无人接替，或令莫文华来南方”。直到1938年3月18日，毛泽东致电项英，以无容置疑的口气说：“中央决定派袁国平为四军政治部主任”，“邓子恢可为副主任”。毛泽东之所以如此口气，是因为项英参与的程度过深了，从参与变为主导了。在同一份电报中，毛泽东还说：“前电谓派干部须得你同意，此事似未便定为原则。”
第三，新四军“编制为四个支队，支队等于旅。一支队张（编者注：应是陈，指陈毅）、二支队张鼎丞、三支队云逸为妥，周士第如不来，周子昆改任支队长。如何”？江北是高敬亭任第四支队司令员，虽然人选不是项英提出的，但项英知道，一直按支队司令员的要求在使用高敬亭。江南三个支队司令员人选是项英提出的，显然中央同意了。1937年12月28日，毛泽东即复电：“同意编支队，云逸、子昆任支队长。”项英在武汉时，与长江局领导致电中央，曾提出“为使叶挺及对外工作便利起见，拟以周子昆与周士第对调，如同意即要子昆送过河换士第来新四军”。这里提出周士第问题，是为照顾叶挺情绪。北伐战争中周士第是叶挺的参谋长，实际上周子昆也是叶挺的老部下，只是关系不近而已。但毛泽东显然没有同意，而是派了更加忠诚、与自己关系更密切的周子昆。1938年1月8日，陈、周、叶致电毛泽东，何应钦已核定新四军编制，四个支队司令人选照准。
第四，“高敬亭、傅秋涛、周骏鸣均已来汉，正在商讨各种工作”。自然包括第四支队领导班子之事，也包括傅秋涛的任职问题，傅秋涛任第一支队副司令，所部编入第一支队一团。1938年1月22日， 《中共中央代表团与长江中央局关于鄂豫皖工作的决议》 ：“电中央，请求调戴季英同志到四支队做政治工作。”“四支队组织军政委员会，拟以高敬亭、郑位三、吴先元、郑维孝、林维先、胡继亭及政治部主任七人组织之，以高敬亭同志为主席，由军政会讨论决定后提交中央局批准。”戴季英是高敬亭的老上级，应是满足高敬亭的要求；周骏鸣任第四支队第八团团长，所部也编入八团。这些都是“商讨各种工作”的内容。
深入各边区传达中央指示，指导游击队整编
1938年1月上中旬，东南分局在南昌正式成立，项英就任东南分局和军分会书记，分局正式接手新四军组建工作。
1937年12月23日，中共中央代表团与中共中央长江局召开第一次联席会，第一项议程就是讨论新四军问题，决定目前项英主要工作在军队方面；各地区红军游击队应迅速集中，并把部队集中作为组建新四军的突击任务。“中央及长江局给东南分局的任务”，“首先迅速集中部队开往前线抗战”。
“为了迅速集中部队开往前线抗战”，分局决定：项英与曾山到湘赣、粤赣等地，传达分局指示和集中部队开往前线；陈毅到皖浙赣动员集中部队；派张云逸到闽赣、闽东、闽西南集中部队，并委托闽西南派来的温仰春及闽赣黄道、闽东叶飞回去传达中央及长江局与分局指示。1938年1月10日，项英、陈毅、曾山等接见到南昌军部报到的顾玉良、黄道、叶飞等，并听取闽北、闽东与国民党地方当局谈判和部队下山情况，决定撤销中共闽赣省委，成立中共闽浙赣特委，曾镜冰任书记，黄道任东南分局宣传部长兼新四军驻南昌办事处主任。2月28日，又派曾山往刘英处，动员部队及传达分局指示。项英在1月16日在南昌分别会见游击区有关领导后，致信长江局和中共中央：“目前全部人员出动到各地动员部队。”
随后，各部集中开赴前线。第一支队：以傅秋涛部为第一支队第一团队，以谭余保部赣南及汀瑞部队合编为第二团队，皖浙赣边的部队编为直属大队，以陈毅为司令，傅秋涛兼副司令。不久，湘赣红军游击队改编为新四军第一支队二团队一大队，后改为第一支队二团一营。1938年2月，奉命开赴皖南抗日前线，谭余保等留在湘赣边区坚持。
第二支队：由闽西、闽粤边、闽赣边红军游击队组成，以张鼎丞、邓子恢部为第三团队，闽西南部为第四团队，以张鼎丞为司令，谭震林为副司令。各部队会师龙岩白土，组建支队司令部。2月28日，曾山赴浙南，代表东南分局宣布：粟裕率领闽浙边红军游击队编入新四军第二支队，粟裕任副司令员；刘英留下，领导浙南斗争。
第三支队：1938年1月下旬，闽东叶飞到军部接受任务后，闽东红军游击队改编为新四军第三支队第六团，团长叶飞，随后从屏南双溪、棠口出发，奔赴抗日前线。2月9日，闽北红军游击队改编为新四军第三支队第五团，团长饶守坤。2月25日，部队奉命从石塘镇出发，到达浙江开化（当时计划新四军集中在开化），在华埠镇与闽东红军游击队组成的第三支队第六团会合。三支队由张云逸兼司令。
第四支队：以高敬亭部编为第七团队，以周骏鸣部编为第八团队，高敬亭任司令。1938年3月8日，新四军第四支队在七里坪召开东进抗日誓师大会。会后，东进皖中抗日。
1938年2月16日夜，就江西政局及部队集中改编等工作，项英致信长江局并转毛泽东、张闻天等，报告部队改编情况：整编湘鄂赣边傅秋涛部为第一团队；湘赣及赣南合编为第二团队；闽西张鼎丞部及闽粤边、汀瑞边合编为第三、第四团队；黄道部编为第五团队；闽东叶飞部编为第六团队；鄂豫皖边高敬亭部编为第七团队；鄂豫边周骏鸣部编为第八团队。此外，浙南刘英部准备编入第二支队，“争取在抗战中的大小胜利”。
4月中旬，新四军在岩寺鲍家祠堂召开全军（除江北第四支队外）第一次营以上干部大会。会议由项英主持。陈毅代表东南分局、新四军军分会首先讲话，介绍全国抗战的基本形势，国共合作的进展情况，并对新四军的组建，尤其是对叶挺将军就任新四军军长表示祝贺，要求大家团结一致，在东南分局及军分会领导下，坚决执行中共中央的正确路线，完成抗日救国大业。接着叶挺讲话，随后项英介绍新四军组建的经过和各支队的整编情况，明确部队面临的任务。
在项英、陈毅等领导的东南分局努力下，南方红军游击队顺利集中改编。